生化妊娠是指受精卵着床后，胚胎发育出现异常，最终导致妊娠失败的一种情况。在生化妊娠两个月的时候，胚胎的发育还处于早期阶段，此时出现畸形的可能性较小。但是，如果胚胎遭受到某些不良的影响，也可能会导致畸形的发生。以下是可能导致畸形的原因：
1. 遗传因素：某些遗传基因突变或染色体异常可能会导致胚胎畸形。
2. 环境因素：孕妇在怀孕期间接触到有害物质，如辐射、化学物质、病毒等，可能会对胚胎造成损害。
3. 营养不良：孕妇在怀孕期间营养不良，缺乏某些必需营养素，也可能会影响胚胎的正常发育。
4. 孕期疾病：孕妇在怀孕期间患上某些疾病，如糖尿病、高血压等，也可能会影响胚胎的发育。
综上所述，生化妊娠两个月的胚胎畸形的发生可能性较小，但是孕妇在怀孕期间仍需注意避免以上可能导致畸形的原因。