清除毛囊中的痤疮杆菌的处理方法包括以下几个方面：
1. 保持皮肤清洁：定期清洁皮肤可以减少痤疮杆菌的滋生，建议每天早晚用温水和温和的洗面奶清洁面部。
2. 使用含有苯丙酸类药物的外用药：苯丙酸类药物可以杀灭痤疮杆菌，减少痤疮的发生。常见的苯丙酸类药物有苯丙酸、角鲨烷酸等。
3. 使用口服抗生素：口服抗生素可以通过血液循环到达毛囊，杀灭痤疮杆菌。常用的口服抗生素有四环素、米诺环素等。
4. 使用激光或光治疗：激光或光治疗可以杀灭痤疮杆菌，减少痤疮的发生。
原因：
痤疮杆菌是导致痤疮的主要病原菌，它会在毛囊内滋生，导致毛囊发炎，形成痤疮。因此，清除毛囊中的痤疮杆菌是治疗痤疮的关键。常规的清洁皮肤和使用外用药物可以减少痤疮杆菌的滋生，但对于痤疮严重的患者，口服抗生素或激光治疗可能更为有效。