鼻窦炎手术后疼痛的原因可能有以下几个方面：
1.手术创伤：手术会对鼻腔和鼻窦造成一定的创伤，术后可能会出现疼痛。
2.术后感染：手术后鼻腔和鼻窦的伤口容易感染，引起疼痛。
3.术后出血：手术后鼻腔和鼻窦的伤口可能会出血，引起疼痛。
4.术后肿胀：手术后鼻腔和鼻窦周围的组织可能会肿胀，引起疼痛。
5.术后神经损伤：手术过程中可能会损伤到周围的神经，术后可能会出现疼痛。
因此，术后疼痛需要及时处理，避免引起其他并发症。同时，术后应注意休息，避免剧烈运动和过度用力，保持伤口清洁，避免感染。如有必要，应及时就诊。