治疗幽门螺杆菌的药物常用的方案是三联疗法，即同时使用一种质子泵抑制剂（PPI）和两种抗生素，通常为克拉霉素和甲硝唑。具体用药方案为：每天口服一次PPI，一般为奥美拉唑20mg或埃索美拉唑20mg，连续服用14天；同时口服克拉霉素500mg和甲硝唑500mg，每天两次，连续服用14天。
原因如下：
1. 三联疗法是目前治疗幽门螺杆菌感染的标准方案，具有较高的根除率和安全性。
2. PPI可以抑制胃酸分泌，降低胃酸的浓度，减少幽门螺杆菌的生存环境，同时提高抗生素的疗效。
3. 克拉霉素和甲硝唑是常用的抗生素，可以杀灭幽门螺杆菌，但单独使用容易产生耐药性，联合使用可以减少耐药性的产生。
4. 连续服用14天可以确保药物的疗效，减少复发率。
5. 三联疗法的副作用较少，一般不会对身体造成严重的影响。