沙眼衣原体检测通常由眼科科室进行。原因是沙眼是一种常见的眼部感染疾病,由沙眼衣原体引起。眼科医生可以通过检测沙眼衣原体来确定病因,从而制定相应的治疗方案。此外,眼科医生还可以对患者进行眼部检查,评估病情严重程度,并监测治疗效果。