脑萎缩最严重的部位是大脑皮层。原因如下：
1. 大脑皮层是人类思维、记忆、学习和语言等高级认知功能的主要场所，是人类智力的中枢。因此，大脑皮层的萎缩会导致认知和智力能力的严重下降。
2. 大脑皮层是人类运动和感觉的主要场所。如果大脑皮层萎缩，会导致肌肉运动和感觉功能的严重下降，甚至导致瘫痪。
3. 大脑皮层是人类情感和行为的主要场所。如果大脑皮层萎缩，会导致情感和行为异常，例如抑郁、焦虑、冲动等。
4. 大脑皮层是人类意识和自我意识的主要场所。如果大脑皮层萎缩，会导致意识和自我意识的严重下降，甚至导致昏迷和死亡。
因此，大脑皮层的萎缩是最严重的，对人类的生理和心理健康都有着极大的影响。