常用的检查方法是衣原体培养、直接荧光抗体检测、酶标免疫反应和分子生物学检查如聚合酶链式反应（PCR）和连接酶链式反应（LCR）。
1.衣原体培养
由于沙眼衣原体是在细胞内寄生，所以它只能在组织中培养。培养法的特异性好，但敏感性低，试验较复杂，费用高，一般临床少用，多为研究所用。
2.直接荧光抗体检测
这是非培养法中应用较多的检测方法。此法操作容易，特异性好，但需要有经验的检验师检查。
3.酶标免疫反应
这是目前应用最广的检测方法。该法的优点是快速、方便。但敏感性有时不够高。
4.聚合酶链反应（PCR）和连接酶链式反应（LCR）
均为分子生物学检查方法，是将标本数目有限的目标DNA或RNA序列成百万倍放大，使敏感性大大提高。本法对实验室的要求较严格，操作不规范易出现假阳性，我国规定必须是有条件的实验室并经过国家有关部门认可才能进行该项检测。
排泄物异常，小便疼痛，下腹部疼痛或性交时疼痛。 淋病——这是一种由细菌传播的疾病，它能侵袭人的子宫颈、尿道、直肠、眼或喉，而且常与衣原体病共存。 症状：感到小便时灼痛或瘙痒，或许你也有可能什么症状都没有。 人乳头状瘤病毒——也被称为HPV或生殖器湿疣，是美国最常见的性传染病之一。正如这种病的名字所标明的，这是一种病毒，一旦受到它的感染，这种病会伴随一生。湿疣可能生在外阴部、阴道内、子宫颈上、肛门里，或者甚至会出现在喉部。对生殖器湿疣的疗法包括通过冷凝疗法冷冻，用激光疗法治疗，通过外科手术切除或采用化学疗法。虽然经过了治疗，生殖器湿疣还可能在以后复发，某些这种病毒还会引起子宫颈癌。因此，对于已经患过一次HPV的女性，每年应至少做一次巴氏试验。
肺炎衣原体被认为是肺炎、支气管炎及其他呼吸道感染的常见病因，患者会有相应呼吸系统症状；牛衣原体仅存在于牛和羊；鹦鹉热衣原体可引起鹦鹉热，是人类吸入受感染的鸟的排泄物的干燥尘粒而感染，发病时常有高烧、头痛、肌肉痛、寒颤和上下呼吸道不适，部分患者可并发脑炎、心肌炎或血栓性静脉炎。沙眼衣原体除可导致沙眼外，还是公认的性传播疾病的传染源之一。在非淋菌性尿道炎中，几乎一半是由沙眼衣原体传染造成的。它还可以引起尿道综合征和性病性淋巴肉芽肿、男性尿道炎、附睾炎、女性不育、子宫颈炎、盆腔炎等。新生儿通过产道感染可引起新生儿眼炎或新生儿肺炎。沙眼衣原体还可引起成人肺炎，对孕妇危害也较大，可造成宫外孕、流产、死胎、绒毛膜羊膜炎、早产等。
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