梨形鞭毛虫病前断宽钝，后端尖细，两侧对称，侧面观背面隆起，腹面扁平，其前半部有一个很大的向内凹陷的腹吸盘，其直径略小于纵轴的1/2.然而最近的研究表明，核内并无核仁结构。虫体共有前、腹、后侧和尾鞭毛4对，均由位于两核间靠前端的基体(basalbody)发出。1对呈爪锤状的中体(medianbody)与轴柱1/2处相交。鲜活虫体借助鞭毛不停地摆动，虫体作翻滚运动。腹鞭毛摆动产生的液流可提供吸盘产生吸附的动力。
包囊：呈椭圆形，囊壁较厚。包囊大小约(8-12)µm×(7-10)µm,与虫体间有明显的空隙，未成熟包囊有2个核，成熟包囊有4个核，胞质内可见中体和鞭毛的早期结构，铁苏木素染色后囊壁透明无色，虫体蓝色，蓝染的细胞核和残留的鞭毛明显可见。碘染色后囊壁不着色;虫体呈棕黄色或黄色。
生活史：滋养体主要寄生人的十二指肠和空肠上部，但有时也有胆囊内，利用吸盘吸附于肠壁，以纵二分裂法繁殖。在某种不利情况下，包囊开始出现于回肠之下段及大肠。在囊壁内虫体分裂为2个，但有时也进行复分裂。一般在硬度正常的粪便中只能查到包囊。滋养体可在腹泻时发现。据统计，一次腹泻粪便中滋养体可超过140亿个，在一次正常粪便可有包囊3亿个，另有人统计一昼夜可排包囊9亿个。
梨形鞭毛虫病的病原学检查方法
1.粪便检查：是最常用的方法，分为直接涂片法和浓集法两大类。
(1)急性期或间断发作期本期病员粪便多呈水样或糊状，滋养体极易死亡而趋崩解，所以检查时应取新鲜标本做湿涂片，为了保持滋养体的活力，送检的标本应注意保温。
(2)为提高检出率，亦可采用硫酸锌浮聚或醛-醚浓集等方法。由于包囊排出具有间断性，采用隔日查一次，连续查三次的方法，可大大提高检出率。
2.小肠液检查：临床疑有本病而粪便中未查到虫体时可进行十二指肠引流或胆汁镜检。但此法病人较痛苦，不易接受，现多采用胶囊法。吞下的胶囊在体内溶解后，尼龙线在体内自动松开、伸展，经3~4小时可达十二指肠和空肠。肠内若有滋养体，便可随肠液一起粘附于尼龙线上。缓缓拉出尼龙线，取线上的粘附物镜检，若查到滋养体，即可确诊。
3.小肠活组织检查：对粪便和小肠液检查均显示阴性的可疑病例，可利用内窥镜在小肠Treitz韧带附近摘取粘膜组织，进行压片初检，或固定后，用Giemsa染色。此法简便易行，效果好，病人容易接受。