由传染性软疣病毒所致，属痘类病毒，呈“砖形”，大小约300nm×310nm。该病毒系痘科的—种DNA病毒，是人体最大的病原性病毒之一，目前发现有4个亚型，均可致病，但以MCV-1最常见。
儿童传染性软疣几乎都是由MCV-1引起。在性活跃的成年人，有免疫功能低下者，尤其是HIV感染者的传染性软疣大多是MCV-2引起。在普通显微镜下有时亦可见到。其结构介于天花组及副牛痘组病毒之间，核酸为DNA，衣壳完全对称，外包以囊膜，曾应用实验动物或组织培养本病毒，均未获得结果。不能在鸡胚中增殖。用明胶弥散试验及荧光显微镜检查，在病凡血清中可见有抗体，但它在免症上的作用尚不明了。
人类为本病毒的唯一自然宿主，通过直接接触而传染，也可自体接种。往往在公共浴室或游泳池通过理发、共用毛巾等方式而被传染，也可通过性接触传染。任何年龄均可发病，多见于儿童和青少年。有人认为异位体质者对此病毒比较敏感且易泛发。有报道，在结节病、白血病、获得性T细胞缺陷、使用皮质类固醇激素及免疫抑制剂等，可发生广泛性皮损。
主要病变在表皮，表皮高度增生而伸入真皮，其周围真皮结缔组织受压而形成假包膜，并被分为多个梨状小叶，真皮乳头受压，而成为小叶间异常狭窄的间隔。基底细胞大致正常，从棘层细胞起逐渐变性。在早期，感染细胞开始有卵圆形小体形成，以后细胞体积逐渐增大，胞核固缩，最后整个胞浆均为嗜酸性包涵体软疣小体所占据。
在表皮中部，软疣小体已超过受累细胞原有的体积，细胞核被挤于一侧，固缩成新月形，甚至完全消失，在粒层水平处，软疣小体为嗜碱性的软疣小体。在病变中央的顶部，变性细胞可脱落，因此形成为火山口状。若将由皮损中所挤出的乳醅状软疣小体涂于玻片上.用复方碘溶液染色可为暗褐色，用生理盐水稀释成200倍的亮结晶蓝溶液染色可染为青色。
电镜改变主要在表皮。表现为疣底部细胞核增大，线粒体肿大，嵴不清晰，细胞质内可见到病毒颗粒，疣体棘层细胞核膜变模糊，甚至核膜消失，线粒体嵴消失，严重时空泡化，细胞内几乎找不到完整的线粒体。有时胞浆内见到束状排列的张力微丝及卷曲膜状结构，胞质内有大量成熟病毒。