新生儿生殖器官疱疹可以治疗，主要的治疗方法是局部用药、免疫调节、抗病毒药物治疗等。治疗期间还应保持良好的饮食习惯，保证充足的睡眠时间，这样才能让生殖器官疱疹引发的疼痛瘙痒症状尽快消失。
新生儿出现生殖器官疱疹后可以先局部用药治疗，比如用硼酸溶液或生理盐水清洗。如果有明显疼痛症状，要使用止痛药物，当继发真菌感染或细菌感染时，可加用抗真菌外用制剂或者抗生素类药物。另外，皮损区域可以外涂抗病毒药剂，比如磷甲酸钠软膏、阿昔洛韦乳膏、西多福韦凝胶等。
如果局部用药治疗效果不理想，需要系统性抗病毒治疗，比如服用伐昔洛韦、阿昔洛韦等。如果引发疱疹性咽炎、口炎或者肠炎，药物的使用剂量要稍微增大，治疗时间也要延长。如果原发感染症状严重，对身体造成的损害也比较大，需要静脉滴注阿昔洛韦，这样才能让临床症状尽快消失。
