男性非淋菌性尿道炎可以通过药物、局部治疗和物理疗法进行治疗。男性非淋菌性尿道炎在临床上有尿道炎的表现症状，但在分泌物中却检测不到淋球菌，将尿液通过细菌培养也无淋球菌的生长。男性非淋菌性尿道炎对男性的健康危害较大，确诊后需及时治疗。
1、中西医药物结合。患者应遵循医生的药方用量，根据用药的原则，针对不同病情选用相对应的抗生素进行治疗。患者用药时，还需特别注意，如若服用的药中有不对症或者是选择了不当的药物服用，会耽误患处治疗又对造成一定的心理负担。所以药物治疗一定要在正规医生的的诊断下指导服用，并注意按时服药，避免病情的加重。
2、局部治疗。局部治疗包括对患处进行药物冲洗、直肠中药或尿道西药给药等，局部治疗可以对治疗起到辅助作用。
3、物理疗法。物理疗法包括坐浴、热疗以及各种理疗仪进行治疗，这些方法可以促进炎症吸收，改善血液循环，缓解疼痛的同时起到引流作用。物理疗法主要是是指借助一些物理元素，以此来调节身体的机体免疫状态，从而能促使血循环加速，达到治疗效果。
在进行药物治疗期间，患者应该多加休息，不要过度劳累，保持饮食清淡，多喝水多吃新鲜果蔬，少吃辛辣刺激的食物，忌饮酒抽烟，注意尿道口卫生，勤换洗衣物，暂时停止性生活，生活习惯对病情的治疗会产生很大帮助。尿道炎切忌盲目自我用药，虽然治疗男性非淋菌性尿道炎的方法多样，但患者还是要根据具体病症分析采用治疗方法。所以一旦发现病症及时就医，早检查早发现早治疗。