治疗生殖器疱疹以一般疗法和药物疗法为主，有助于缓解症状、缩短病程以及预防继发感染。
1.一般疗法
(1)注意局部卫生，确诊生殖器疱疹之后要保证局部洁净干爽，不可让患处长时间处于潮湿状态中，应该经常用生理盐水进行冲洗。
(2)保持良好心态，患病期间不宜过度紧张、焦虑，保证心情舒畅、心态平稳，有助于病情好转。
2.药物疗法
(1)抗病毒药物，由于此病主要是感染疱疹病毒造成的，所以要及时口服和外用抗病毒药物。一般常用口服抗病毒药物包括阿昔洛韦片、伐昔洛韦片等，外用抗病毒药物包括阿昔洛韦软膏等。
(2)抗生素药物，并发细菌感染的患者，应配合抗生素药膏一同治疗，如红霉素软膏、氯霉素软膏等。
(3)镇痛药物，若疼痛症状特别明显，可外用盐酸利多卡因软膏，亦可口服止痛药减轻痛苦，如布洛芬、扑热息痛等。