更昔洛韦对尖锐湿疣没有太大效果，因为尖锐湿疣的出现和人乳头瘤病毒感染有关，而更昔洛韦主要治疗疱疹病毒感染疾病，所以尖锐湿疣不适合使用更昔洛韦治疗。一般是使用提高免疫功能以及抗病毒药物，比如重组干扰素、转移因子、胸腺素等，还可以搭配局部涂抹药物处理，常用药物有咪喹莫特乳膏、三氯醋酸、足叶草毒素酊等。
除了用药治疗，还可以选择物理治疗法，比如冷冻、激光、光动力等。其中冷冻治疗是利用冷冻器或液氮进行喷射接触冻融治疗；激光是通过仪器所产生的能量烧灼疣体，从而让疣体坏死脱落；光动力治疗方法是将光敏剂注入到疣体当中，再使用红光照射让细胞坏死凋亡，从而去除疣体，不仅能破坏肉眼可见的疣体，还能清除潜伏感染组织以及亚临床损害。
如果病情严重，使用药物和物理治疗效果不理想，也可以考虑手术治疗，将整个疣体切除或者分批切除，能达到比较好的改善作用。手术治疗后要做好心理疏导，改善抑郁、焦虑等情绪，还要保持创面清洁，以免细菌感染。