尖锐湿疣和疱疹主要可以通过发病症状、发病部位、临床表现、好发群体、潜伏期这五个方面来分辨。因为尖锐湿疣主要是由人乳头瘤病毒感染引发的性传播疾病，而疱疹是由单纯疱疹病毒或水痘带状疱疹感染引起的皮肤病，两者在本质上有着明显的区别，患者可具体根据自身病状分辨后接受针对性治疗。
1.症状表现
尖锐湿疣和疱疹的典型症状有着明显的区别，可作为分辨两种疾病的主要依据。尖锐湿疣主要表现为丘疹样、乳头状和菜花样的赘生物和肿块，而疱疹则是带状分布的红斑、水疱，患者通常用肉眼观察便可以发现的明显的不同之处。
2.发病部位
因为尖锐湿疣是常见的性传播疾病，而疱疹是一种皮肤病，故两者的发病部位有明显的不同。通常情况下，尖锐湿疣多发于生殖器官部位和肛门部位，而疱疹的发生则是呈带状沿神经分布，其分布较广，患者有时还会出现神经疼痛等不适症状。
3.临床表现
临床表现也可作为分辨两种疾病的依据，主要是通过患者的感觉和表现判断的。一般情况下，尖锐湿疣是没有特异性感觉的，只有少部分性生活不洁的患者会有生殖器官瘙痒的表现。与此不同的是，疱疹患者在发病时会出现身体乏力、低热、食欲不振等不适，同时发病处皮肤还会有灼热感和疼痛感。
4.好发群体
根据临床统计发现，尖锐湿疣和疱疹的发病群体存在明显的差异。因为尖锐湿疣是通过性传播的疾病，所以好发于性活跃的青年男女，但是疱疹则没有年龄的限制，可发生于各个时期。
5.潜伏期
因为诱发疾病的致病菌习性不同，这导致了两种疾病的潜伏期有明显差异。虽然疱疹的致病菌有两种，但是由这两种引起的单纯疱疹和带状疱疹的潜伏期都是较短的，通常都不会超过2周。相比之下，尖锐湿疣的潜伏期较长，可从1个月到8个月不等，大多数患者在第3个月便会出现相应症状。