非淋菌性尿道炎可造成多重影响，如可导致配偶感染，还可导致死精以及精子畸形，影响生育。女性患者还易引起盆腔炎，宫颈炎等妇科炎症发生。
一、感染配偶
由于非淋菌性尿道炎症状并不典型，因此很易被患者忽略，如防护不严，可通过性生活传染给配偶，导致配偶感染，影响配偶健康。
二、影响生育
男性如出现非淋菌性尿道炎反复发作时，可影响到精子质量，导致死精和精子畸形率增加，降低生育能力。而女性如引起炎症导致致输卵管炎引起输卵管粘连梗阻时，可导致排卵障碍而致不孕症发生。
三、继发多种并发症
男性患非淋菌性尿道炎如不及时治疗可引起泌尿生殖系统并发症发生，如可继发附睾炎或前列腺炎，病情严重者可致不育，有部分患者还可出现免疫相关的Reiter综合征，也就是尿道炎、结膜炎和关节炎三联征。女性患者则可继发输卵管炎、子宫内膜炎，宫外孕，不孕症及肛周炎症。如果是新生儿经产道分娩感染后可引起结膜炎或肺炎发生。
