慢性非淋菌性尿道炎的治疗方法一般包括药物治疗、中西结合治疗以及物理疗法等。由于非淋菌性尿道炎是泌尿系统和生殖系统的常见感染病之一，且该病是可以通过性传播的，发病率也比较高，因而需要患者引起一定的重视。
1、药物治疗
治疗由衣原体或支原体引起的慢性非淋菌性尿道炎，往往可以使用多西环素或盐酸四环素或美满霉素或土霉素。但针对孕妇患者不宜用四环素的情况，可改用对肝脏损害较小的红霉素治疗。由于目前耐青霉素淋球菌菌株的流行，几乎半数的非淋菌性尿道炎患者同时也感染淋病奈瑟菌。而目前尚缺乏快速、可靠的检测衣原体的方法，故采用头孢曲松钠和多西环素联合治疗淋病和非淋菌性尿道炎。至于其他病原菌所致的非淋菌性尿道炎，则可用喹诺酮类广谱抗生素。
2、中西结合治疗
四环素类、大环内酯类、喹诺酮类抗生素等都是可供选择的西药。而中成药方面可以选用利尿通淋的药物，中医则可以根据患者的情况辩证地选择清热利湿、利尿通淋。非淋球菌性尿道炎是性病中最常见的一种，它可以通过性接触传染，因而更需要做好治疗方式的选择。
3、物理疗法
这种疗法包括坐浴、热疗和多种物理疗法，能促进炎症的吸收，改善血液循环，减轻痛苦，并有排出的效果。物理疗法是利用电、热、水、声等多种物理因素，通过影响人体的组织、器官及致病因子，从而调整人体的免疫状况，促进血循环，从而达到治疗的目的。