慢性细菌性阴道病经过积极的药物治疗之后，有一定根除的可能，但是复发的几率较高。而根除本病的方法主要有甲硝唑、替硝唑、克林霉素软膏、乳酸杆菌栓剂等。
1.甲硝唑
甲硝唑对于抑制厌氧菌生长有着不错的效果，而且不会影响乳酸杆菌生长，是治疗本病较为理想的药物。这种药物的不良反应主要有食欲下降、恶心、呕吐、口腔异味、一过性中性粒细胞减少、皮疹、荨麻疹、瘙痒等，建议患者谨慎使用。同时要了解的是，使用此药期间患者需避免饮酒，以免与药物与酒精结合产生腹泻、头晕、皮肤潮红等副作用。
2.替硝唑
替硝唑跟甲硝唑药物疗效相似，但是不良反应较少，同时服药期间也不能饮酒。
3.克林霉素软膏
将克林霉素软膏涂抹在患处，可在一定程度上改善患者病情，但是在治疗期间以及停药至少三天后，需尽量避免使用乳胶避孕套，防止避孕套失去避孕功能。
4.乳酸杆菌栓剂
在阴道内使用乳酸杆菌栓剂，可以改善患者阴道内的酸碱度，从而抑制加德纳菌、厌氧菌等细菌的生长，帮助改善病情。