淋病对于患者的正常生活影响较大，由于其传染性强，因此尽早发现、尽早治疗则成为控制该疾病的重中之重。然而淋病具有潜伏期，不同检测方法存在各自的优缺点，敏感度和特异性也有一定的差距，因此男性淋球菌是有可能查不出淋病的。
众所周知，淋球菌感染后到淋病病发存在一定时间，淋球菌侵入尿道是淋病潜伏期的开始。此时想要深入人体黏膜下层，通常需要经过36个小时。当淋球菌侵入机体约36小时后，便进入发育阶段，待淋球菌死亡后排出体内毒素，则会对机体组织产生毒性反应，出现临床症状。正是由于这样的潜伏期机制，淋病一般需要在潜伏期过后检查才能查出来。因此，存在被感染男性淋球菌检查后依然查不出淋病的情况。
第二种情况则是由于检查方式的灵敏度问题而导致的。在涂片检查的过程当中，涂片对有大量脓性分泌物的单纯淋菌性前尿道炎患者来说，阳性率约在90%左右，但对于感染时间不长、分泌物量较少的被检查者来说，如若已经感染的男性患者涂片样本刚好不含有淋球菌，则会造成虽已感染，但未能查出的情况。而抗原检测中，荧光实验在男女二性标本的敏感度不高，特异性也较差，通常得到的结果也并不十分准确。
综合以上两种情况，已经感染了的男性在接受淋球菌检查也依然存在查不出淋病的情况。因此而通常临床在确诊淋病时，医生会结合多重因素来判定患者的患病情况。在就医过程当中，多维度的检查对于疾病的确诊尤为重要，不仅可以提高检出率，也可以更大限度地明确诊断，指明治疗方向。