非淋菌性尿道炎一般不使用外用药物来治疗，可以选择阿奇霉素、多西环素、罗红霉素等内服药，同时注意多喝水和勤排尿，才能消除尿痛、排尿困难、尿道刺痒等症状。用药期间，还需禁止性生活，可以避免尿道炎反复。
非淋菌性尿道炎多是生殖道支原体、沙眼衣原体等病原体引起的。由于这些病原体无法通过外用药物根除，所以在治疗非淋菌性尿道炎时，临床中多使用内服药物。在一些情况下，也可以在医生的指导下浸泡淡红色高锰酸钾，但这种方法多作为辅助疗法，只能缓解尿道分泌物增多，尿痛等症状。如果操作不当，还有可能导致尿道炎加重，甚至诱发附睾炎、子宫内膜炎等并发症。
非淋菌性尿道炎采用内服药物治疗时，可以选择多西环素、罗红霉素、左氧氟沙星、二甲胺四环素、阿奇霉素等药物。这些药物具有较强的抗菌能力，可以有效的消除病原体，使非淋菌性尿道炎逐渐好转。由于药物种类繁多，所以用药时要结合医嘱，遵从用药禁忌，才能获得好的疗效。此外，还需注意持续服药，切忌在治疗过程中擅自停药。
