慢性非淋菌性尿道炎可选择敏感的抗生素来治疗，如多西环素胶囊、克拉霉素片等，同时也可以配合服用一些中成药来辅助治疗，如三金片、热淋清胶囊等。
一、抗生素治疗
慢性非淋菌性尿道炎主要是由于急性期治疗不彻底，导致支原体、衣原体持续存在尿道内导致的，因此对于慢性非淋菌性尿道炎在治疗前应重新做尿道分泌物的培养，或是用精液、前列腺液代替尿道分泌物进行培养，以明确支原体、衣原体种类和药物敏感性，再选择敏感的抗生素来治疗。常见抗生素有多西环素胶囊、克拉霉素片、阿奇霉素片、美满霉素胶囊。注意服抗生素治疗至少要持续服用四周。
二、中成药治疗
在抗生素治疗慢性非淋菌性尿道炎的同时，可以配合服用一些清热利湿的中成药来辅助治疗，如可选择三金片、热淋清胶囊、八正胶囊、萆解分清丸等中成药，中西药联合治疗更有利于慢性非淋菌性尿道炎早日痊愈。