肠阿米巴病是因为食物或者水中包含了阿米巴虫的包囊，由于包囊可以抗拒胃酸的作用，可以安全的通过胃部最终到达结肠，引起患者身体上的组织病变。该病主要会导致患者的生理机能产生改变，例如营养不良，感染，肠道受损，导致宿主的抵抗力下降，并且在其他细菌的和阿米巴原虫共同的作用下，会导致患者的主肠黏膜破损。
阿米巴病的传染源主要是包囊的携带者，溶解组织的阿米巴虫株的侵袭能力很强，当宿主的局功能紊乱，身体免疫力下降或者营养不良的时候，病毒就会伺机侵袭，导致病情的加重。
肠阿米巴病的小滋养体会附着在结肠的上皮部位，之后凭借它的伪足机械运动以及酶的溶解性破坏人体的肠壁，之后逐渐转变为大滋养体开始进行大量的增殖，造成患者局部肠粘膜溶解坏死，形成溃疡体。大滋养体可以通过活跃地吞噬红细胞和人体肠道组织碎片，导致患者产生严重的病症反映。
该病常常会有细菌感染并发，通过肠镜检查可以发现坏死部位周围会有大量的中性粒细胞浸润。有的患者病症严重，溃疡将会深入肌层，许多小块的溃疡相互融合导致肠黏膜大片大片地脱落，因此肠阿米巴病的溃疡会有比较大的穿孔存在，症状比较轻微的患者的肠壁损害可能伴有微小溃疡甚至肉芽肿样溃疡各种不同类型。
有的慢性肠阿米巴病患者可能会出现阿米巴肿的情况，这是由于肠黏膜的滋养体侵入静脉之后，将血液截留在肝脏部位，产生许多的坏死病灶。坏死病灶周围的白细胞不断坏死引发肝炎，当滋养体聚集在炎症病灶外围之后和正常组织粘黏，就会形成囊肿。不论是急性病征还是慢性病症，都会给患者带来严重的健康损害，因此不能对其轻视。
