扁桃体发炎的情况下是否可以做窝沟封闭，理论上并不受扁桃体问题的直接影响。只要孩子整体健康状况允许，没有发热或严重的全身性疾病，且能够配合牙科操作，就可以进行窝沟封闭。但这需要牙科医生根据孩子的具体健康状况来决定最佳时机。

扁桃体体发炎涉及的是喉咙部位的免疫组织炎症，而窝沟封闭则是牙科中预防蛀牙的一种措施，主要针对牙齿咬合面的窝沟进行密封，防止食物残渣和细菌堆积，从而预防龋齿。

考虑到孩子舒适度和恢复情况，如果扁桃体发炎伴有高热、严重不适或需要紧急处理的感染情况，可能建议先治疗扁桃体炎，待孩子身体状况稳定后再安排窝沟封闭较为合适。