伤寒肠穿孔确诊后应及时手术治疗。一般采用右下腹部切口，原则是施行穿孔缝合术。如穿孔过大，其周围肠壁水肿严重，可作近端回肠插管造口，以保证穿孔缝合处愈合。但，对术中发现肠壁很薄接近穿孔的其他病变处，也应作浆肌层缝合，以防术后发生新的穿孔。腹腔内应置放烟卷引流。伤寒肠穿孔病人一般都很虚弱.难以耐受大手术打击，故一般不应作肠切除术，除非肠穿孔过多，以及并发不易控制的大量肠道出血，而病人全身状况尚许，在这种情况下，才考虑采用。

术后对伤寒病和腹膜炎应采用抗菌药物及加强支持疗法等积极治疗。