全垂体功能减迟症还必须和一系列其他疾病相鉴别，其中有：神经性厌食、慢性肝病以及营养不良性肌强直。神经性厌食(一般见之于女性)的临床征象往往具有诊断意义。这些征象包括恶病质、对食物和身体形象具有异常的意念以及虽然经闭但仍保持其第二性征。一般说来，患有神经性厌食的病人的GH和皮质醇的基础水平也易增高的。因为下丘脑病损能够扰乱控制食欲的中枢，所以对疑诊病人中进行蝶鞍X线检查也不是毫无道理的。患有酒精性肝病或血色素沉着症的男子，只要其睾丸萎缩伴有全身无力，便往往被怀疑为垂体功能减退症。但是在绝大多数场合，利用实验室试验是可以识别其基础性的原发疾病，也能够排除垂体功能减退症。思这些疾病的病人死后做尸体解剖时很少能够见到其有过广泛的垂体功能失调的形态学证据。营养不良性肌强直患者的主诉是进行性肌无力，过早的秃顶和白内障以及足以说明早衰的脸部征象：男子可能出现睾丸萎缩。内分泌检验可以排除垂体功能减退症。

其临床症状取决于垂体前叶激素缺乏程度。有时症状可能突然出现且显著，但大多情况下逐渐出现，可能很长时间不为病人所察觉。可能出现一种、数种或全部垂体前叶激素缺乏。绝经前妇女缺乏促性腺激素(黄体生成素和卵泡刺激素缺乏)可出现闭经、不孕、阴道干燥及某些女性性征退化。男性则会出现阳痿、睾丸萎缩、精子生成减少，随即出现不育症及某些男性性征如机体生长、面部胡须的退化等。促性腺激素缺乏亦见于卡尔曼综合征，本征患者常有唇裂或腭裂、色盲、嗅觉丧失。 成人生长激素缺乏往往症状少或无症状。但在儿童则可引起生长迟缓，甚至成侏儒。促甲状腺激素缺乏引起甲状腺功能减退症，甲状腺功能低下，出现意识模糊、怕冷、体重增加、便秘、皮肤干燥。单一促皮质激素缺乏少见，但可导致肾上腺功能低下，出现疲乏、低血压、低血糖及对应激(如大型手术、创伤、感染等)缺乏耐受力。