本病病因可能与遗传有关的代谢异常及免疫因素有关。据报道约有80%本病患者带有人白细胞抗原HLA-B8、HLA-DW3。人食谷物后其麸质中所含的麦胶蛋白肽(gliadin peptides)在肠中水解时需要有关的肽酶，如患者肠粘膜上皮缺少此酶，则未被水解的麦胶蛋白刺激肠粘膜引起本病。

也有认为本病是麸质过敏性肠病(gluten sensitive enteropathy)，过敏原是麦胶蛋白。将麦胶蛋白