前列腺结核的治疗和全身结核病的治疗方法相同，必须包括全身治疗和抗痨药物治疗。前列腺结核用抗痨药物治疗有较好的效果。治疗方法与肾结核的治疗相同，采用以异烟肼、链霉素、利福平等为主的两种或三种药物联合应用。一般经验认为，治疗疗程为6～12个月。

治愈的标准是尿液或前列腺液结核菌涂片和培养均为阴性，泌尿生殖系统结核症状及体征全部消失。