肛管息肉与肛裂容易混淆，肛裂通常表现为排便时或之后的剧烈疼痛，伴有少量鲜血。肛裂疼痛通常更为剧烈，且常与便秘有关。

肛管息肉与内痔容易混淆，内痔主要症状为便血，尤其是在排便过程中，有时可伴有轻度不适感。内痔出血量相对较多，有时会有痔核脱出的现象。

肛管息肉与直肠脱垂容易混淆，直肠脱垂时可见肛门外有肿物突出，常伴有排便不适感。直肠脱垂的突出物通常较大，且可能在用力时更为明显。

肛管息肉与直肠癌容易混淆，直肠癌早期可能无明显症状，进展期可出现便血、排便习惯改变、腹痛等症状。直肠癌一般伴随体重下降、贫血等症状，病情发展较快。

肛管息肉与肛周脓肿容易混淆，肛周脓肿表现为肛门周围局部红肿、疼痛、触痛等。肛周脓肿疼痛通常局限于肛门周围皮肤，而肛管息肉疼痛不明显。

肛管息肉与直肠息肉容易混淆， 直肠息肉可能没有明显症状，或者与肛管息肉相似，如便血。直肠息肉位置更深，通常需要通过内镜检查发现。