应与溃疡性结肠炎、结肠Crohn病、缺血性肠炎以及艾滋病结肠炎等相鉴别。

伪膜性肠炎临床表现：发热、腹痛、恶心、腹胀、大量腹泻，腹泻物呈绿色海水样或黄色蛋花样稀便，脱落的伪膜;腹泻后腹胀减轻、脉搏增快、血压下降、呼吸急促、脱水征象、精神错乱、腹部压痛、腹肌紧张、肠胀气及肠鸣音减弱。根据上面的症状表现进行诊断。