面肌痉挛需要与下列疾病鉴别：

癫痫 面肌局限性抽搐亦可能是部分性运动性癫痫，但其抽搐幅度较大，并往往累及颈、上肢甚或偏侧肢体，或出现典型的按大脑皮质运动区顺序扩散的Jackson发作。脑电图上可见有癫痫波发放。仅仅局限于面部肌肉抽搐的癫痫罕见。

癔症性眼睑痉挛 常见于中年以上女性病人，多系两侧性，仅仅局限于眼睑肌的痉挛，而颜面下部的面肌则并不累及。

三叉神经痛 为面部阵发性短暂的剧烈疼痛，疼痛严重时可伴有面部肌肉抽搐。虽然原发性面肌抽搐发展至严重时，抽搐时间较久亦可引起面部疼痛，但其疼痛程度没有三叉神经痛那样剧烈。

舞蹈病及手足徐动症 可有面肌的不自主抽动，但均为两侧性的，且均伴有四肢类似的不自主运动。

面瘫后遗症面肌抽搐 以往有明显的面瘫史，由于面瘫恢复不全发生轴索再生错乱所致，患侧多遗留不同程度的面肌无力和麻痹现象。

应常规进行脑电图、肌电图检查，必要时还应进行乳突、颅骨X线摄片，头颅CT及MRI检查，以排除乳突及颅骨疾患。