角化毛囊丘疹的根本原因是皮肤的角化过程出现了异常。正常情况下，皮肤表面的细胞会逐渐死亡并脱落，但在角化毛囊丘疹中，这些死细胞过度堆积并堵塞了毛囊口。皮肤细胞的正常更新周期受到干扰，导致过多的角质细胞聚集在毛囊口处，形成了所谓的角栓。这些角栓可以进一步刺激周围的皮肤组织，引发炎症反应，从而形成红色或肤色的小丘疹。

角化毛囊丘疹具有一定的遗传倾向。如果家族中有成员患有此类皮肤病，则其他家庭成员患病的风险也会增加。研究表明，某些基因变异可能与角化毛囊丘疹的发生有关，特别是那些参与皮肤屏障功能和角化过程的基因。

干燥的气候条件会加剧皮肤的干燥程度，使角化毛囊丘疹的症状更加明显。皮肤缺乏足够的水分会导致表皮层变得干燥脆弱，进而增加角化毛囊丘疹的风险。

频繁使用含有刺激性化学物质的清洁产品也会破坏皮肤的天然屏障，导致皮肤干燥，进而增加角化毛囊丘疹的风险。

青春期、孕期、月经周期等阶段体内激素水平的变化可能会影响皮肤的角化过程，从而诱发或加重角化毛囊丘疹。甲状腺功能亢进症或甲状腺功能减退等内分泌疾病也可能与角化毛囊丘疹有关。

缺乏维生素A、维生素E等营养素可能会导致皮肤屏障受损，增加患病风险。长时间暴露在紫外线下会损伤皮肤，加速角化过程，增加角化毛囊丘疹的风险。长期的精神压力和焦虑可能会影响皮肤健康，加剧角化毛囊丘疹的症状。