病因不清，一般认为系间脑病变，特别是丘脑下部病变所致，有人认为这是癔症的一种恶型而不是什么独立的疾病;还有人认为此病和感染有关，属于轻度脑炎;有的人根据病人脑电图异常，则认为是一种癫痫。

根据现代医学对神经生化、病理生理的研究，目前认为嗜睡-贪食综合征是大脑边缘系统-下丘脑-脑干网状结构机能受到感染，外伤以及有先天性缺陷之后，产生了轻度的潜在性病变致使病人到了青春期后，由于机体内环境和内分泌系统功能失调而促发了本病的发生。

普遍接受的发病机制认为与间脑，尤其是下丘脑的功能紊乱有关，神经解剖学及病理学研究表明下丘脑是控制睡眠、饮食、性行为、警惕性的中枢，已有综合征的病人发现有下丘脑病理学异常的多例报告。因而认为综合征是由下丘脑功能障碍导致的睡眠、饮食等行为的不满足感所致。神经分泌学研究发现在综合征发病期丘脑控制的垂体分泌的激素水平和节律改变，而非发作期正常此异常可能与发作期下丘脑多巴胺功能下降所致，因而提出下丘脑一垂体轴功能紊乱的假说。

另外，间脑的其他部位、丘脑、第三脑室周围组织以及脑干结构等与睡眠觉醒中枢和上行激活系统有关结构的功能低下亦被认为是综合征的发病机制之一。由于单电子发射断层扫描的发现，提出的其他机制假说有原发性皮质功调节紊乱，额叶一丘脑环路功能障碍，边缘系统的功能障碍等。目前此综合征具体病因不明，大体可分为特发性的、器质性的和精神性的，根据文献报道，以下因素可能是其病因或促发因素。

感染和第一次提出综合征的病因可能是感染和炎症。几乎的综合征第一次发病前都有轻微的病毒感染，但以后的发作均不同于病毒性感染疾病。另外在综合征病人死后的尸检中发现下丘脑和第三脑室底的血管周围炎性浸润、第三脑室扩大等，提示中脑一下丘脑一边缘系统的炎症困。尽管如此，很少有病毒感染的直接证据，病毒感染可能与其他因素一样促发此病。亦可能综合征多有流感样症状，而误认为是前驱病毒感染。与综合征密切关的感染有种流感、上呼吸道感染、急性病毒性脑炎。外伤国内外有多例报道了外伤后综合征的发生，下丘脑是容易继发外伤后血和梗塞的部位，过去曾认为脑震荡等头部继发间脑功能紊乱等脑机能改变，但近年认为脑外伤往往可引起间脑牵拉、扭转形成器质性损害。丘脑、下丘脑和垂体占位肿瘤、出血梗死综合征病人的病理学发现有丘脑梗死，垂体肿瘤仁、下丘脑形态学异常。精神因素药理学研究认为精神障碍使得递质一受体系统，如一经色胺、多巴胺、肾上腺素的功能衰退，而综合征可能与精神障碍有共同的发病模式。在临床报告的病因中，精神因素与综合征有较为密切的关系综合征发病可由精神因素诱发，在发病过程中精神因素可以加重症状的发作，且此病多伴有的精神、情绪和行为问题。代谢紊乱代谢紊乱可以引起上行网状激活系统的功能低下而引起嗜唾。

月经报道的女性病例中，许多与月经周期有关，提示与月经期激素和内分泌改变有关。自身免疫因素有人认为此综合征病人的连锁分析提示有自身免疫的因素参与，其他的情况如脱水、饮酒、劳累等均可成为其病因或促发因素。