多种原因可造成舌咽神经损伤或损害，但不同部位损伤原因有所不同。
1.火器伤
舌咽神经的单独损伤极为少见，偶尔因小弹片伤所致。在下颌后间隙火器伤中，舌咽神经常与迷走神经、副神经一同受伤。下颌骨水平支受伤时。舌咽神经亦常与迷走神经及面神经同时受伤。
2.手术误伤
颈动脉手术、颈椎前入路手术、甲状腺手术等常可误伤舌咽神经颅外段；颅后窝颈静脉孔区手术可误伤舌咽神经的颅内段及颈静脉孔段。
3.骨折
颅底骨折时骨折线经枕骨髁累及颈静脉孔，挫伤或挤压舌咽神。
4.肿瘤压迫和浸润亦可造成舌咽神经的损伤和损害
如颅底颈静脉孔区及其附近区域的颈静脉球瘤、巨大听神经瘤、脑（脊）膜瘤、上皮样囊肿、脊索瘤、颅骨性肿瘤及恶性肿瘤的颅底转移；颅后窝颈静脉孔区肿瘤；颅底外侧的肿瘤等。
5.颅颈交界区畸形
如颅底陷入、扁平颅底、小脑扁桃体下疝畸形。
6.核性损伤
急性核性损伤常见于脑干血管病变、脑干灰质炎等。慢性损伤常见于延髓积水，脑干及高颈段髓内肿瘤及多发性硬化等。
