其发生可能与酒精直接损害宫内胎儿相关。有关研究发现，大量嗜酒母亲的胎盘有超微结构的变化，可能间接影响了胎儿，使胎儿发育不良或畸形。此外，胎儿酒精综合征还可能与酒精氧化的代谢产物乙醛对细胞的毒性作用，导致胎儿神经细胞发育障碍有关。