自然流产可以流干净吗？如何确定？急！！

健康咨询描述：昨天去医院检查B超显示妊娠囊1.0*0.8，上次月经是9月4日，一般周期为40天，医生说妊娠囊小于孕周，说孩子发育不好。
昨晚流出了子宫内膜似的东西，今天又流出许多，就像正常月经量，出血并不多，这是自然流产吗？可以流干净吗？是不是可以在出血停止后通过B超检查看出来是否流干净了？如果是流干净了，就不会影响下次怀孕吧？
我不想做清宫，怕发生感染（因为真正出血），留下后遗症影响今后的生育。
请问医生，我应该如何处理？非常感谢！
问题补充:我的月经周期较长，还算不算怀孕49天以内，是不是还可以做药流辅助自然流产？这样对子宫的损害是不是可以小一些？因为我是初次怀孕，而且很想尽快要小孩。
象我这种情况，什么时候可以进行性生活，最早什么时候可以考虑怀孕？怀孕前还要做什么检查？
问题较多，请医生耐心给予帮助，谢谢！