卵巢囊肿要做防癌筛查。检查卵巢囊肿患者的肿瘤指标以进行癌症预防筛查。因为卵巢囊肿早期症状不明显，所以不易被发现，大多患者是做其它检查或者体检时发现，即使是发生了早期的癌变也很少有特别明显的症状。当患者出现典型症状时很可能到了癌变晚期，所以临床上检查卵巢囊肿时都建议患者做肿瘤标志物。
卵巢囊肿可以做肿瘤筛查，因为肿瘤筛查可以提示卵巢囊肿的良性或者恶性以及病情的发展及预后情况，特别是肿瘤标志物的测定。例如，血清CA125具有高灵敏度和低特异性。80%的上皮性卵巢癌患者的血清CA125水平升高，90%以上的患者的CA125水平与疾病的缓解或恶化有关，可用于监测疾病。
血清A-FP对卵巢囊腺瘤有特异性诊断价值，在未成熟畸胎瘤和混合性无性细胞瘤中，含有a-FP的卵黄囊瘤也可增加。血液HCG水平对原发性卵巢绒毛膜癌具有特异性，性激素如颗粒细胞瘤和鞘细胞瘤产生更高水平的雌激素。
