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1、囊肿穿破:肝包虫囊可因外伤或穿刺而破裂。破入腹腔时可误诊为急腹症,有剧烈腹痛伴休克,继而出现过敏症状,因此,肝穿刺在肝包虫病患者应视为严格的禁忌症。包虫囊腔内压力甚高,穿刺后不仅发生囊液外漏、过敏性休克,且可使原头蚴种植于腹腔内而产生继发性包虫囊。囊肿破入肝内胆管,破碎囊皮引起胆管阻塞,每导致胆绞痛与黄疸。
2、感染:约1/5~1/4肝包虫囊有继发感染,感染多来自胆道。肺包虫囊并发感染者亦颇常见。感染可促使包虫死亡,但亦明显加重病情。