包虫病可在人体内数年至数十年不等。临床表现视其寄生部位、囊肿大小以及有无并发症而异。因寄生虫的虫种不同，临床上可表现为囊型包虫病(单房型包虫病)、泡型包虫病(多房型包虫病)、混合型包虫病，多房型包虫病多是由伏氏棘球绦虫或少节棘球绦虫的幼虫所致病，国外见于中、南美洲，国内尚未发现。
1.肝包虫病
囊肝包炎极度肿大时右上腹出现肿块，患者有饱胀牵涉感并可有压迫症状。囊肿大多位于右叶，且多位于表面，位于左叶者仅占1/4。囊肿位于右叶中心部时肝脏呈弥漫性肿大，向上发展压迫胸腔可引起反应性胸腔积液、肺不张等;向下向前发展则向腹腔膨出。大多数患者体检时发现肝脏极度肿大，局部有表面平滑囊肿感。少数病例叩击囊肿后可听到震颤。肝功能大多正常，白、球蛋白比例倒置。肝B型超声波、肝同位素扫描、肝CT检查均示肝脏占位性病变。由细粒棘球蚴所致的通常称为单房型包虫病;由多属棘球蚴所致的称为多房型包虫病，简称泡球蚴病。包虫增殖方式呈浸润性，酷似恶性肿瘤。肝泡球蚴尚可通过淋巴或血路转移，继发肺、脑泡型包虫病，故有恶性包虫病之称。肝质地变硬，表面不平。
2.肺包虫病
肺组织较为松弛，故包虫囊生长较快，常有干咳、咯血等症状。约有2/3患者病变位于右肺，且以下叶居多。在无并发症的病例胸部X线检查可见单个或多个圆形、卵圆形或多环形边缘清晰而光滑的肿块(有继发感染时边缘模糊)。囊肿随呼吸而变形，罕见钙化，大小不一，最大者可占一侧肺野。囊肿穿破，囊液完全排出，在X线上呈空洞型;囊肿破入胸腔时可发生严重液气胸。约半数患者的囊肿破入支气管，随着囊液咳出而自愈，偶可因囊液大量溢出而引起窒息。
3.脑包虫病
发病率低(1%～2%)，多见于儿童，以顶叶最常见，临床表现为癫痫发作与颅内压增高症状。包囊多为单个，多数位于皮层下，病变广泛者，可累及侧脑室，并可压迫、侵蚀颅骨，出现颅骨隆凸。脑血管造影、脑CT、脑核磁共振均有助于诊断。
4.骨骼包虫病
较为罕见，国外报告约占全身包虫病的1%～2%，国内报告远低于国外，仅占0.2%左右。以骨盆和脊椎发生率最高，其次可以四肢长骨、颅骨、肩胛骨、肋骨等。细粒棘球蚴侵入长骨后，感染通常从骨端开始，疏松海绵骨首先受侵。由于骨皮质坚硬、骨髓腔狭小呈管状，限制包虫的发展，故病程进展缓慢，晚期可能出现病理性骨折、骨髓炎或肢体功能障碍。X线可有助于诊断。
5.其他
心包、肾、脾、肌肉、胰腺等包虫病均比较少见，其症状似良性肿瘤。人感染包虫病后，常因少量抗原的吸收而致敏，如囊肿穿破或手术时，囊液溢出可致皮疹、发热、气急、腹痛、腹泻、昏厥、谵妄、昏迷等过敏反应，重者可死于过敏性休克。