该病与白癜风鉴别的要点：首先，白癜风与硬化性萎缩性苔藓在好发部位上一级白斑特征上有一定的差别。白癜风无一定好发部位，皮损形态大小不宜，可以融合成较大的斑片。白斑不高出皮肤，周边有色素增加。而硬化萎缩性苔藓好发于肛门、生殖器，亦可分布于颈侧，锁骨上窝、胸背上部，腹部特别是脐周、腋窝、手腕屈侧。皮损为象牙白色丘疹、黄色或珍珠母状。
有时丘疹表面有小的角质栓塞性黑点，用力剥除后，留下一幽谷状凹陷，可融合成各种大小与形状的版块，皮损边缘呈红色，边界清楚，光滑。到晚期成羊皮纸样外观。此时与白癜风鉴别可能会有困难。其次白癜风为黑素细胞减少或消失，萎缩硬化性苔藓为皮肤角化过度，毛囊口和汗管口有角栓。颗粒层变薄但完全存在。在角化过度明显处，颗粒层可增厚，棘层减少，表皮突明显减少或完全消失。基底层细胞不呈圆柱状而为立方形，液化变性，表皮下和真皮上1/3处胶原纤维水肿和均质化，不易着色。同时有毛细血管扩张，弹力纤维减少或消失。充分发育的皮损，在真皮中层血管周围可见有带状或片状淋巴细胞浸润。
硬化性萎缩性苔藓病因不明，女性患者既往可能有阴道炎史，男性患者常见于未做过包皮环切者，提示感染可能有激发作用，又本病多见女性绝经期，或青春期，青春期后可自然好转，似与内分泌有关，而白癜风发病原因主要是由于人体血热或体热，外受风、受潮湿，风湿侵入肌肤，导致局部气血失调，从而形成白癜风，另外伤也易引起。
白癜风是由于黑色素细胞减少或消失，从而引起皮肤局部出现白斑，而萎缩硬化性苔藓为角化过度，毛囊口和汗管口有角质栓，颗粒层肥厚，棘层减少，基层细胞变为立方形，且液化表皮突减少或消失，