膀胱输尿管反流的治疗应根据不同的检查结果、不同的病因和级别而采取不同的治疗方法。在治疗前需注意以下情况：
1.反流有自行消失的希望，这与患者年龄和反流程度有关，Duckett(1983)报道若能控制感染，Ⅱ度63%、Ⅲ度53%、Ⅳ度33%的反流可自消，随年龄增长，很多Ⅰ～Ⅲ度反流可自愈，Ⅴ度难自愈。
2.长期抗感染治疗对小儿是安全、可耐受的。
3.并发膀胱憩室、无抑制性膀胱等并不能阻止反流自消。
4.如输尿管直径及膀胱正常，则输尿管膀胱再植术的成功率可达95%～98%。
5.反流持续到青年、成年则不易自消。成年男性有反流不一定有病态，但女性尤其妊娠时会出现问题。
6.无感染的反流似乎不引起肾损害。
7.非手术治疗 轻度反流(Ⅰ度、Ⅱ度、Ⅲ度)适用非手术疗法，目的是用药物控制尿路感染，防止肾盂肾炎对肾脏的损害。选用适当抗生素并配合按时排尿法和连续排尿法以减少膀胱内剩余尿。定期复查尿常规、尿培养和排尿期膀胱尿道造影，观察疗效。
8.手术治疗 严重反流(Ⅳ度、Ⅴ度)、反流进行性加重或持续至成年、药物不能控制肾盂肾炎反复加重者均需手术治疗。手术的目的主要是延长膀胱黏膜下输尿管的长度，最好使黏膜下隧道的长度5倍于输尿管直径。对明显扩张之输尿管需截剪后再行输尿管膀胱再植。
9.腔内泌尿外科手术 通过膀胱镜将硬化剂注射到输尿管口黏膜下，改变输尿管口的形态并缩紧输尿管口，使之达到抗反流目的。常用的硬化剂有：聚四氟乙烯(Teflon)、胶原蛋白等。