治疗过程中的诊断不当或操作不精细，可能导致补牙后遗症，如牙痛、肿胀、充填物脱落等，需要具体情况具体分析。
充填过高引起轻微的咀嚼不适需要调整咬合;龋病治疗中意外露髓可以试作直接盖髓，严重者需要进行根管治疗;牙髓性疼痛可以先安抚，症状消除后永久充填，必要时摘除牙髓;牙髓病或根尖周病治疗失败，也常常出现补牙后疼痛或肿胀;器械不慎折断在根管内时，要尽可能取出器械，难于取出则要做塑化治疗;折断器械或根管充填物超出根尖孔较多时，可辅助进行根管外科手术，如根尖切除、根尖周刮治、根尖倒封闭等;充填物脱落要修整洞型后重补;若补牙后牙体折裂，可以附加固位或粘结修复，酌情使用全冠或带环。并发症经反复治疗效果不佳时，可拔除患牙后镶牙。
