与粟粒性结核、恶性组织细胞病、系统性红斑狼疮、深部淋巴瘤、变应性亚败血症、布鲁菌病、伤寒、流行性出血热、恶性疟疾、风湿病等鉴别。容易误诊的疾病：
1.颅内出血、窒息
败血症有呼吸暂停、震颤、抽搐、前囟凸出、表示有神经系统侵犯时，尤其是初生1周内患儿，应与颅内出血、窒息等鉴别。后者发病早，多在生后1、2天内起病，有产伤史。有神经系统先天畸形并发脑膜炎时，也应与败血症鉴别。
2.呼吸道疾病
败血症早期症状可有呼吸困难、急促、发绀等，应与气胸、肺炎、未成熟儿原发性呼吸窘迫综合征、肺膨胀不全等鉴别，必要时可摄胸部X线片以协助诊断。
3.消化道疾病
腹胀、呕吐、大便次数多或减少，是肠道原发病的表现，也可在败血症时出现，应分析各症状的发展和因果关系。对肠菌类引起的败血症应提高警惕。
4.血液病
新生儿溶血病、红细胞酶的缺乏也可表现黄疸、贫血、呼吸急促和呼吸困难等，但严重的溶血性贫血并无感染征，可与败血症引起的高胆红素血症鉴别。新生儿出血症须与败血症并发出血者鉴别，前者无感染灶，输血和维生素K治疗可获痊愈。特发性血小板减少性紫癜和先天性白血病应与败血症鉴别，可由血常规检查协助诊断。
