1、肠套叠：
是婴幼儿应首先鉴别的疾病，好发于4～10个月的肥胖男婴，全年可发病，春季为高峰期。典型临床表现为阵发性哭闹、呕吐、腹部腊肠样包块及果酱样 (血)便。阵发性哭闹为套叠的肠管痉挛所致，其程度往往比单纯的肠痉挛重而且规律性更强。呕吐几乎发生于每一例肠套叠，单纯肠痉挛则较少见。大多数患儿可触及腹部腊肠样包块，一般位于沿结肠框走行的部位，其中半数位于右上腹。包块比单纯肠痉挛时触及的肠管粗大，有一定弹性，并有触痛。发病超过6小时则可能排出果酱样便。气或钡灌肠可证实临床诊断(除少见的小肠套叠)，并可通过增加灌肠压力试行肠套叠复位。
2、急性阑尾炎：
急性化脓性阑尾炎多发于5岁以上小儿，但婴幼儿期也并非不能发生，阑尾炎的典型症状是转移性右下腹痛。发病初期患儿常自述为中腹或上腹部痛，也有的不能确定腹痛部位，此时可与肠痉挛相混淆，数小时后腹痛多固定于右下腹。腹痛一般为持续性，但粪石梗阻、阑尾内寄生虫等具有梗阻性质的阑尾炎在一段时期可以阵发性、痉挛性疼痛为主，也应与肠痉挛鉴别。鉴别要点是各种类型阑尾炎一定都有右下腹的固定压痛，病程稍长还可能出现肌紧张，与肠痉挛不同。有时需数次检查才能确定其压痛点是否为“固定”。此外，阑尾炎常伴有早期的恶心、呕吐及稍后的发热与白血球增高。
3、急性胃肠炎或肠道感染：
可发生于各年龄组小儿，除阵发性腹痛外还可能出现呕吐、腹泻及发热等症状，有时会由于吐、泻而发生脱水。以上都是单纯肠痉挛不应有的表现，但发病初期还是需要与肠痉挛鉴别。包括细菌性痢疾与阿米巴痢疾在内的肠道感染应结合大便的化验室检查才能确诊。
4、肠系膜淋巴结炎：
儿童较为多见，一般有上呼吸道感染病史。患儿常自述为隐约的腹痛，为阵发性。有时不能确定腹痛部位，也常为右下腹痛，因回、结肠系膜富含淋巴组织。体格检查可有右下腹压痛，但压痛点并不固定，也不伴肌紧张。疑为肠系膜淋巴结炎时不要忘记进行患儿的咽喉部及肺部检查。
5、肠蛔虫症与胆道蛔虫：
肠蛔虫症引起的腹痛实际上也是一种肠管痉挛性疼痛，且呈阵发性，有时出现呕吐与腹部压痛，难以触及蛔虫团。本症虽与肠痉挛临床表现相似，但因治疗方法不同，故还应力求作出鉴别。胆道蛔虫的典型临床表现是剧烈的阵发性腹痛，上腹部偏右为疼痛最重点，可伴有局部的压痛与肌紧张。胆道蛔虫有时与肠蛔虫症并发，应予以注意。蛔虫并发症与国民的卫生条件和生活习惯有关，因此诊断必须结合病史。虽近年来本症有所减少，但在卫生条件较差的农村仍为常见病。
6、便秘：
慢性便秘一般不引起腹痛，但因一时原因引起的便秘，常可诱发乙状结肠痉挛，出现阵发性腹痛。本症多发生于儿童。腹痛常在下腹部或偏左，有时可触及痉挛肠管或/及干硬大便块。用开塞露或肥皂水灌肠排便后常可使腹痛得以缓解或消失。此外，婴幼儿甚至新生儿有时在排便前会出现哭闹，排便后哭闹消失，是否由于大便的局部刺激或神经反射引起肠管痉挛，不能得知。
