大肠埃希杆菌肺炎的治疗的基本原则是积极处理基础疾病的同时选用合适的抗生素，同时及时处理并发症。
1.一般治疗
止咳、祛痰、止痛、止血，适量补充液体。维持水、电解质和酸碱平衡注意保暖保证休息，进食足够营养和易消化的食物。缺氧时给予氧疗。积极处理原发病和基础疾病。
2.抗感染治疗
(1)β-内酰胺类 头孢菌素或广谱青霉素联合氨基糖苷类抗生素是治疗大肠埃希杆菌肺炎的常用治疗方案。头孢菌素国内曾以第一代的头孢唑林、头孢拉定及第二代的头孢呋辛应用较多但近年来耐药比例迅速增加。第三代头孢菌素如头孢噻肟、头孢哌酮、头孢他啶等，作为经验性治疗对重症感染、难治性感染等颇有价值。可单用或与其他药物合用。青霉素中的氨苄西林临床应用较早，但目前大肠埃希杆菌对此药耐药率很高，治疗效果不理想。新一代的广谱青霉素如哌拉西林以及与酶抑制剂的混合的复合制剂如氨苄西林+舒巴坦钠、哌拉西林/三唑巴坦钠(哌拉西林/他唑巴坦)等对大肠埃希杆菌及其他革兰阴性杆菌有较好的杀菌作用值得临床应用。对院内获得性难治性感染亦可采用亚胺培南及氨曲南。
(2)氨基糖苷类 庆大霉素、妥布霉素、阿米卡星及奈替米星等均可用于大肠埃希杆菌肺炎的治疗，尤其是后两者，临床耐药率较低且毒副作用较少，经验用药时可作首选联合用药之一，主张每天1次用药，老年人减量。
(3)喹诺酮类 环丙沙星、氧氟沙星、左氧氟沙星、司氟沙星(司帕沙星)等对大肠埃希杆菌有强大的抗菌作用，对医院内获得性或耐药菌引起的大肠埃希杆菌肺炎也是比较理想的选用药物，但近年来耐药比例有所增加。
对发生肺脓肿、胸腔积液或脓胸的患者应加大抗生素的剂量和疗程，脓胸形成者应进行引流，抗生素胸腔内注射，防胸膜增厚及粘连。并发休克、心肺功能不全者，应给予相应处理，必要时给予机械通气治疗等，并加强护理，有条件者可住入呼吸监护病房。