尿常规检查见白细胞增多或呈脓尿，伴有红细胞增多，少数呈肉眼血尿。尿三杯试验检查，可以发现第1杯内有大量脓细胞、红细胞存在，而第2杯、第3杯基本正常。初段尿细胞培养菌数明显多于中段尿。尿道或阴道分泌物涂片检查，淋菌性尿道炎可见细胞内或细胞外淋病双球菌，非特异性尿道炎可用分泌物或前尿道拭子培养，见大量细菌生长。分泌物涂片及培养均未发现细菌者，即有支原体、衣原体感染的可能，可行特殊方法培养或做PCR检查。
慢性尿道炎需行尿道膀胱镜检查，以明确发病的原因。有时可用金属尿道探子试探尿道内有无狭窄，必要时行尿道造影。急性期尿道内忌用器械检查。