1.一般治疗 应加强护理，预防褥疮及肺部感染等并发症;同时根据病情采取降温、抗痉、脱水等处理。颅内高压危象经药物治疗无效者，必要时可作脑室引流、去骨瓣术等以紧急减压。
2.抗病毒治疗 由于病损发生在中枢神经系统，故抗病毒治疗越早越好;但由于病毒仅在细胞内复制的末期才导致典型症状的出现，故抗病毒治疗的时机往往偏晚，影响疗效和预后。理想的抗病毒药物能选择性地抑制病毒核酸和蛋白质的代谢，而完全不影响宿主细胞;但目前的抗病毒药物尚未能做到这一点，大多存在一定的毒副作用。临床上较多选用下列几种。
阿昔洛韦，仅对感染病毒的细胞起作用，而不影响未感染细胞，已成为首选药物。剂量每次5～10mg/kg体重，静脉滴注1次/8h，14～21天为一疗程;少于10天常有复发。不良反应有震颤、皮疹、血尿、短暂肾功能不全、转氨酶升高等。近来发现抗阿昔洛韦毒株已有所增多，尤其见于HSV-1型。
阿糖腺苷(Vidarabine)，剂量为15mg/(kg·d)，共10天。用时须经稀释，缓慢静脉滴注，使其浓度不超过700mg/L，滴注时间不少于12h以上。不良反应有恶心呕吐、造血功能障碍等。
利巴韦林(ribavirin)静脉滴注，剂量为0.5～1g/d，儿童20～30mg/kg体重，连用7～10天。
3.肾上腺皮质激素 尽管存在某些争论，鉴于免疫损害参与本病的发病机制，多数学者仍然主张应用激素治疗本病。皮质激素可减轻炎症反应，解毒和稳定溶酶体系统，降低毛细血管通透性，保护血脑屏障，消除脑水肿，克服脱水剂所致的反跳作用。一旦确诊本病，可早期、大量、短程使用激素。以地塞米松(dexamethasone)为首选，一般用15～20mg，稀释后静脉滴注，1次/d，10～14天后渐减量。
4.干扰素及其诱生剂 干扰素对多种病毒具有抑制作用。临床上常用300万～500万U，1次/d，肌内注射，约4周为一疗程。
干扰素诱生剂如聚肌胞等，促使人体产生内源性干扰素，用于治疗本病的疗效尚不肯定。
5.中医中药 中医治疗病毒性脑炎以清热解毒为主，采用芳香化浊、活血通络原则。方剂有犀角地黄汤、白虎汤、清瘟败毒饮、银翘散等加减;成药有紫雪丹、安宫牛黄丸等。
