(一)临床症状
1，非淋菌性尿道炎潜伏期为10-20天。
2，起病不如淋病急，症状拖延，时轻时重，但比淋病轻，约50%的病人有尿痛，尿道痒等症状，初诊时很易被漏诊，男性非淋菌性尿道炎表现为尿道不适，发痒，烧灼感或刺疼，尿道红肿，尿道分泌物多为浆液状，稀薄，晨起有“糊口”现象，女性非淋菌性尿道炎表现为宫颈的炎症和糜烂，分泌物增多，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)，阴道及外阴瘙痒，下腹不适感，注意：有些病人可无症状或症状不典型，易被漏诊，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)。
3，尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜脓性，较长时间不排尿(如晨起)尿道外口可溢出少量稀薄分泌物，有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口或污染内裤，检查时，需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出，有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。
4，常与淋病同时感染，前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体，支原体依然存在，在感染1-3周后发病，临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。
5，处理不当或治疗不及时可引起并发症(1%)，如急性附睾炎，前列腺炎，结肠炎，咽炎，女性宫颈炎，宫颈糜烂，前庭大腺炎，阴道炎，输卵管炎，盆腔炎，异位妊娠，不育等。
6，新生儿通过感染的产道，生后3-13d可发生眼结膜炎，眼部有粘液脓性分泌物，也可无分泌物，但多不侵犯角膜，下生后2-3周可发生肺炎，症状不断加重，呼吸急促为其特点，但不发热，其中半数患儿有眼结膜炎。
7，极少数病人可伴发Reifer综合征：尿道炎，关节炎，角膜炎，结合膜炎及皮疹。
(二)诊断
1，不洁性交史，潜伏期及症状。
2，尿道分泌物涂片及培养排除淋球菌，念珠菌及其他细菌感染，涂片有大量白细胞，10-15个以上/400倍，5个以上/1000倍显微镜检。
3，尿道分泌物或宫颈刮片，单克隆衣原体荧光抗体检查或培养，标本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，轻轻旋转5s，放置 2-3s，然后取出培养，女性用窥阴器充分露暴宫颈，第一根拭子将宫颈表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宫颈1-2cm，旋转10s，停2-3s，取出拭子，不要碰阴道壁。