(一)实验室检查
1.外周血象
外周血白细胞可增高原发性肺球孢子菌常有血嗜酸细胞增高，发病第2～3周最明显
2.球孢子菌皮肤试验
90%～95%患者原发感染4周后皮试反应即呈阳性用球孢子菌素做皮内试验，剂量为0.1ml，皮肤红肿范围≥5mm为阳性，可持续24～48h。但既往感染者亦可持续阳性。血源播散患者可阴性。
3.病原学检查
痰、穿刺液、纤支镜标本、胸膜活检标本，经氢氧化钾处理涂片可见圆形厚壁，含内孢子的球体，在葡萄糖蛋白胨琼脂上培养1周有菌丝型菌落生长。肺球孢子菌培养阳性对诊断具有特殊的意义。痰培养阳性率为40%～60%，纤支镜标本阳性率较高。
4.血清学检查
血清学方法检测球孢子菌抗体极少假阳性，乳胶凝集试验敏感性达90%，常用于初筛。补体结合试验检测IgG抗体，感染第4周有50%患者阳性，第8周90%患者阳性，6～8个月消失。抗体滴度与疾病严重程度相关。试管沉淀试验检测IgM抗体感染第1周有50%患者阳性，适用于早期诊断。
5.基因探针诊断
特异性基因探针已应用于肺球孢子菌病的快速诊断48h可获结果。
(二)其他辅助检查
原发性肺球孢子菌病X线表现为肺门淋巴结肿大，胸膜反应和胸腔积液。肺内结节病灶起病6～8周内可消退。极少残留肺部异常常见的为肺球孢子菌结节及空洞。
慢性进行性球孢子菌肺炎X线表现为肺段或肺叶的浸润阴影，多发性空洞和纤维结节病灶。多数空洞为2～4cm，少数为大空洞(>6cm)，典型的为薄壁，周围无明显炎症浸润，以两上肺多见。
粟粒样肺球孢子菌病临床及X线表现酷似粟粒性肺结核。