60%患者呈无症状的亚临床经过，仅在球孢子菌皮试检查时发现。40%的患者临床表现各异主要有以下类型：
1.原发性肺球孢子菌病
感染10～16天后出现流感样症状，干咳、偶有血丝痰。常有胸痛。胸部体征常阴性，20%患者有结膜炎，变形性红斑、结节性红斑等过敏性皮肤损害可伴有多发性浆膜炎(胸膜炎、心包炎、关节炎)。病程呈自限性，6～8周内症状可消退。感染初期易发生临床的真菌血症，但引起肺外破坏性病变的甚少，主要见于皮肤、关节、骨骼和脑膜。
X线表现为肺门淋巴结肿大胸膜反应和胸腔积液肺内结节病灶起病6～8周内可消退。极少残留肺部异常常见的为肺球孢子菌结节及空洞。
2.慢性进行性球孢子菌肺炎
在原发感染8周以后肺部病灶持续存在且病变逐渐恶化表现为持续低热、咳嗽、厌食、体重下降，部分患者有咯血。病程缓慢而长，可达数月至数年。
X线表现为肺段或肺叶的浸润阴影多发性空洞和纤维结节病灶多数空洞为2～4cm，少数为大空洞(>6cm)，典型的为薄壁，周围无明显炎症浸润，以两上肺多见球孢子菌性结节通常无钙化，倍增时间为1年以上。
3.粟粒样肺球孢子菌病
此型为原发性肺球孢子菌病的严重合并症，病原菌经血行播散至全肺野及肺外其他脏器。常在原发性肺孢子菌病程早期出现，亦可为慢性进行性的晚期并发症，如发于免疫抑制者和有严重基础病和易感种族，临床及X线表现酷似粟粒性肺结核免疫受损的宿主，可迅速发展为呼吸衰竭。血源播散可累及皮肤、关节、淋巴结、脑膜肝脾等脏器。