放射性肠炎的晚期表现和癌肿的复发与转移需作X线钡剂检查、肠系膜血管造影、内窥镜检查、活组织检查以资鉴别。在鉴别诊断时应考虑其他疾病，如非特异性溃疡性结肠炎、Crohn病、肠结核、肠道脂代谢障碍综合征(Whipple)等。
1.溃疡性结肠炎 无辐射病史，病理检查可见隐窝脓肿可资鉴别。
2.伪膜性肠炎 患者无放射性物质照射史，多于病前使用广谱抗生素，一般多在抗生素治疗过程中开始出现症状，少数病人可于停药1～10天后出现，大便培养为难辨梭状芽孢杆菌。
3.急性缺血性肠炎 多发生于年长者或口服避孕药妇女，临床表现为突发腹痛和便血，结肠镜检查可见病变肠段黏膜的充血水肿、糜烂及出血，多为一过性，少数可遗留肠管狭窄。
