腹腔妊娠的处理是比较复杂的，由于经验的积累及手术方法的改进， Stevens等(1993)报告在过去的20年中，母亲死亡率已自20%降至5%。
腹腔妊娠内妊娠物的存在，可以发生感染、脓肿及窦道，故诊断一经确定，应考虑手术治疗。手术的主要关键是胎盘的处理，如处理不当可以发生胎盘附着面的大量出血及脏器的损伤。故手术时应根据其胎盘附着部位、胎儿是否已死亡及死亡时间的长短以决定处理方法。
如不用手术取出位于腹腔内的胎儿，则可能发生下列情况：①胎儿骨骼残留，软组织被吸收;②形成尸蜡;③形成石胎或钙化;④胎儿组织感染、坏死、形成脓肿;⑤如果胎儿组织长期留在腹腔内则可穿入膀胱、直肠排出，形成腹部瘘管等。
有作者主张使用甲氨蝶呤破坏残存的胎盘。其作用机制是甲氨蝶呤可以破坏滋养层组织，减少胎盘血供促使其变性坏死，HCG可降至正常水平。使用的缺点是被破坏的胎盘组织留在腹腔内是良好的细菌培养基，有并发感染，引起腹膜炎、腹壁伤口裂开、盆腔脓肿、败血症等的可能，严重时甚至造成死亡。不用甲氨蝶呤的病例，虽然胎盘吸收较慢，患者恢复期延迟但并发症较少。
1.术前必须备血，做好肠道准备。
2.如胎儿存活或死亡不久，取出胎儿，在胎盘面的脐带附着处结扎切断脐带，胎盘留置腹腔内。因此时胎盘种植面与腹腔脏器或组织粘连紧密，血窦丰富，剥离时可以大出血。留置的胎盘有可能机化吸收。如未吸收，以后考虑手术处理方案。
3.如胎儿死亡已久，如数周或数月以上，胎盘种植面积不大者，胎盘已萎缩，血窦多已关闭，可试行整个剥离取出。一般出血不多。
4.胎盘种植于大网膜上者，可将大网膜一并切除，但如种植于盆腔内者，切忌强行挖出，其出血难以控制。曾有学者对胎盘种植于盆底者先行经皮股动脉行盆腔血管造影后做髂内动脉栓塞，然后手术使出血量明显减少。若术中发生大量出血亦可用此法以止血。
近年来，对手术中胎盘留置曾有导致感染、脓肿、伤口不愈合、肠梗阻的报道，尚有发生母体肾盂积水，甚至发生持续性先兆子痫99天直至胎盘取出后治愈的报道。但对比手术中大出血的危险，大多数学者仍持留置胎盘日后处理的意见。如留置胎盘于腹腔内，可以血清β-HCG观察其下降情况，大多数下降迅速，但Belfar等(1986)报告胎盘吸收时间有长达5年者。